Combining patient, diet and location data
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ASPP Student
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874f984bd5
commit
9868fe5fc8
1 changed files with 246 additions and 23 deletions
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|
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|
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@ -344,12 +356,24 @@
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|
"(6287, 3)"
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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"## your code here\n"
|
"## your code here\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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"## your code here\n",
|
"## your code here\n",
|
||||||
"\n",
|
"data_diet = pd.merge(df, info, how='inner', left_on=['location-id', 'patient-id'], right_on=['location-id', 'patient-id'])"
|
||||||
"\n"
|
|
||||||
]
|
]
|
||||||
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|
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|
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|
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|
||||||
|
|
@ -388,7 +411,7 @@
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
@ -456,7 +479,7 @@
|
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"4 5 Malaga"
|
"4 5 Malaga"
|
||||||
]
|
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|
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|
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|
"execution_count": 9,
|
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|
"metadata": {},
|
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|
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@ -469,12 +492,195 @@
|
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|
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"cell_type": "code",
|
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|
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|
"metadata": {},
|
||||||
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|
"outputs": [],
|
||||||
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|
"source": [
|
||||||
"## your code here:\n"
|
"## your code here:\n",
|
||||||
|
"data_diet_loc = pd.merge(data_diet, locations, how='inner', left_on='location-id', right_on='location-id')"
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"cell_type": "code",
|
||||||
|
"execution_count": 23,
|
||||||
|
"id": "e4579355-bdde-40a3-8969-1c27c7bb0eb7",
|
||||||
|
"metadata": {},
|
||||||
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"outputs": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"data": {
|
||||||
|
"text/html": [
|
||||||
|
"<div>\n",
|
||||||
|
"<style scoped>\n",
|
||||||
|
" .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
|
||||||
|
" vertical-align: middle;\n",
|
||||||
|
" }\n",
|
||||||
|
"\n",
|
||||||
|
" .dataframe tbody tr th {\n",
|
||||||
|
" vertical-align: top;\n",
|
||||||
|
" }\n",
|
||||||
|
"\n",
|
||||||
|
" .dataframe thead th {\n",
|
||||||
|
" text-align: right;\n",
|
||||||
|
" }\n",
|
||||||
|
"</style>\n",
|
||||||
|
"<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
|
||||||
|
" <thead>\n",
|
||||||
|
" <tr style=\"text-align: right;\">\n",
|
||||||
|
" <th></th>\n",
|
||||||
|
" <th>patient-id</th>\n",
|
||||||
|
" <th>location-id</th>\n",
|
||||||
|
" <th>sex</th>\n",
|
||||||
|
" <th>age</th>\n",
|
||||||
|
" <th>smoke</th>\n",
|
||||||
|
" <th>bmi</th>\n",
|
||||||
|
" <th>waist</th>\n",
|
||||||
|
" <th>wth</th>\n",
|
||||||
|
" <th>htn</th>\n",
|
||||||
|
" <th>diab</th>\n",
|
||||||
|
" <th>hyperchol</th>\n",
|
||||||
|
" <th>famhist</th>\n",
|
||||||
|
" <th>hormo</th>\n",
|
||||||
|
" <th>p14</th>\n",
|
||||||
|
" <th>toevent</th>\n",
|
||||||
|
" <th>event</th>\n",
|
||||||
|
" <th>group</th>\n",
|
||||||
|
" <th>City</th>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" </thead>\n",
|
||||||
|
" <tbody>\n",
|
||||||
|
" <tr>\n",
|
||||||
|
" <th>0</th>\n",
|
||||||
|
" <td>436</td>\n",
|
||||||
|
" <td>4</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Male</td>\n",
|
||||||
|
" <td>58</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Former</td>\n",
|
||||||
|
" <td>33.53</td>\n",
|
||||||
|
" <td>122</td>\n",
|
||||||
|
" <td>0.753086</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>10</td>\n",
|
||||||
|
" <td>5.374401</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Control</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Bilbao</td>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" <tr>\n",
|
||||||
|
" <th>1</th>\n",
|
||||||
|
" <td>1130</td>\n",
|
||||||
|
" <td>4</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Male</td>\n",
|
||||||
|
" <td>77</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Current</td>\n",
|
||||||
|
" <td>31.05</td>\n",
|
||||||
|
" <td>119</td>\n",
|
||||||
|
" <td>0.730061</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>10</td>\n",
|
||||||
|
" <td>6.097194</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Control</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Bilbao</td>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" <tr>\n",
|
||||||
|
" <th>2</th>\n",
|
||||||
|
" <td>1131</td>\n",
|
||||||
|
" <td>4</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Female</td>\n",
|
||||||
|
" <td>72</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Former</td>\n",
|
||||||
|
" <td>30.86</td>\n",
|
||||||
|
" <td>106</td>\n",
|
||||||
|
" <td>0.654321</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>8</td>\n",
|
||||||
|
" <td>5.946612</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>MedDiet + VOO</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Bilbao</td>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" <tr>\n",
|
||||||
|
" <th>3</th>\n",
|
||||||
|
" <td>1132</td>\n",
|
||||||
|
" <td>4</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Male</td>\n",
|
||||||
|
" <td>71</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Former</td>\n",
|
||||||
|
" <td>27.68</td>\n",
|
||||||
|
" <td>118</td>\n",
|
||||||
|
" <td>0.694118</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>8</td>\n",
|
||||||
|
" <td>2.907598</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>MedDiet + Nuts</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Bilbao</td>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" <tr>\n",
|
||||||
|
" <th>4</th>\n",
|
||||||
|
" <td>1111</td>\n",
|
||||||
|
" <td>2</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Female</td>\n",
|
||||||
|
" <td>79</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Never</td>\n",
|
||||||
|
" <td>35.94</td>\n",
|
||||||
|
" <td>129</td>\n",
|
||||||
|
" <td>0.806250</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Yes</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>9</td>\n",
|
||||||
|
" <td>4.761123</td>\n",
|
||||||
|
" <td>No</td>\n",
|
||||||
|
" <td>MedDiet + VOO</td>\n",
|
||||||
|
" <td>Valencia</td>\n",
|
||||||
|
" </tr>\n",
|
||||||
|
" </tbody>\n",
|
||||||
|
"</table>\n",
|
||||||
|
"</div>"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"text/plain": [
|
||||||
|
" patient-id location-id sex age smoke bmi waist wth htn \\\n",
|
||||||
|
"0 436 4 Male 58 Former 33.53 122 0.753086 No \n",
|
||||||
|
"1 1130 4 Male 77 Current 31.05 119 0.730061 Yes \n",
|
||||||
|
"2 1131 4 Female 72 Former 30.86 106 0.654321 No \n",
|
||||||
|
"3 1132 4 Male 71 Former 27.68 118 0.694118 Yes \n",
|
||||||
|
"4 1111 2 Female 79 Never 35.94 129 0.806250 Yes \n",
|
||||||
|
"\n",
|
||||||
|
" diab hyperchol famhist hormo p14 toevent event group City \n",
|
||||||
|
"0 No Yes No No 10 5.374401 Yes Control Bilbao \n",
|
||||||
|
"1 Yes No No No 10 6.097194 No Control Bilbao \n",
|
||||||
|
"2 Yes No Yes No 8 5.946612 No MedDiet + VOO Bilbao \n",
|
||||||
|
"3 No Yes No No 8 2.907598 Yes MedDiet + Nuts Bilbao \n",
|
||||||
|
"4 No Yes No No 9 4.761123 No MedDiet + VOO Valencia "
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"execution_count": 23,
|
||||||
|
"metadata": {},
|
||||||
|
"output_type": "execute_result"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"source": [
|
||||||
|
"data_diet_loc.head()"
|
||||||
]
|
]
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
@ -492,7 +698,7 @@
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"cell_type": "code",
|
"cell_type": "code",
|
||||||
"execution_count": 10,
|
"execution_count": 13,
|
||||||
"id": "d1d4cc27",
|
"id": "d1d4cc27",
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"outputs": [],
|
"outputs": [],
|
||||||
|
|
@ -502,7 +708,7 @@
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"cell_type": "code",
|
"cell_type": "code",
|
||||||
"execution_count": 11,
|
"execution_count": 14,
|
||||||
"id": "fbebbd97",
|
"id": "fbebbd97",
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"outputs": [
|
"outputs": [
|
||||||
|
|
@ -512,7 +718,7 @@
|
||||||
"(42, 2)"
|
"(42, 2)"
|
||||||
]
|
]
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"execution_count": 11,
|
"execution_count": 14,
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"output_type": "execute_result"
|
"output_type": "execute_result"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
@ -523,7 +729,7 @@
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"cell_type": "code",
|
"cell_type": "code",
|
||||||
"execution_count": 12,
|
"execution_count": 15,
|
||||||
"id": "8a3c7943",
|
"id": "8a3c7943",
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"outputs": [
|
"outputs": [
|
||||||
|
|
@ -591,7 +797,7 @@
|
||||||
"4 4 541"
|
"4 4 541"
|
||||||
]
|
]
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"execution_count": 12,
|
"execution_count": 15,
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"output_type": "execute_result"
|
"output_type": "execute_result"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
@ -602,12 +808,20 @@
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"cell_type": "code",
|
"cell_type": "code",
|
||||||
"execution_count": 13,
|
"execution_count": 21,
|
||||||
"id": "573687e7",
|
"id": "573687e7",
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"outputs": [],
|
"outputs": [],
|
||||||
"source": [
|
"source": [
|
||||||
"# your code here\n"
|
"# your code here\n",
|
||||||
|
"data_diet_loc_drop = pd.merge(\n",
|
||||||
|
" data_diet_loc, \n",
|
||||||
|
" dropped, \n",
|
||||||
|
" how='left', \n",
|
||||||
|
" left_on=['location-id', 'patient-id'], \n",
|
||||||
|
" right_on=['location-id', 'patient-id'], \n",
|
||||||
|
" indicator=True\n",
|
||||||
|
").query('_merge != \"both\"').drop(columns='_merge')"
|
||||||
]
|
]
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
@ -622,15 +836,24 @@
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"cell_type": "code",
|
"cell_type": "code",
|
||||||
"execution_count": 14,
|
"execution_count": 22,
|
||||||
"id": "85902eea",
|
"id": "85902eea",
|
||||||
"metadata": {},
|
"metadata": {},
|
||||||
"outputs": [],
|
"outputs": [],
|
||||||
"source": [
|
"source": [
|
||||||
"fname = 'processed_data_predimed.csv'\n",
|
"fname = 'processed_data_predimed.csv'\n",
|
||||||
"\n",
|
"\n",
|
||||||
"# your code here\n"
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"# your code here\n",
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"data_diet_loc_drop.to_csv(fname)"
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]
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]
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},
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{
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"cell_type": "code",
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"execution_count": null,
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"id": "38e88726-287a-4448-a250-f8616362d070",
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"metadata": {},
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"outputs": [],
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"source": []
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}
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}
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],
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],
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"metadata": {
|
"metadata": {
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@ -649,7 +872,7 @@
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"name": "python",
|
"name": "python",
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"nbconvert_exporter": "python",
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"nbconvert_exporter": "python",
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"pygments_lexer": "ipython3",
|
"pygments_lexer": "ipython3",
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"version": "3.11.5"
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"version": "3.13.7"
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}
|
}
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||||||
},
|
},
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||||||
"nbformat": 4,
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"nbformat": 4,
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